Правление династии Мамлюков (1291–1516 гг.). Династия Мамлюков, которая вела свой род от воинов-рабов турецкого и черкесского происхождения, правила Египтом с 1250 по 1517 гг. Под их властью Палестина вступила в период упадка. Порты были разрушены для того, чтобы не допустить новых крестовых походов, что привело к резкому сокращению торговли. В конце концов вся страна, включая и Иерусалим, оказалась просто заброшенной.
В эпоху мамлюков и османов мечеть аль-Акса неоднократно ремонтировалась. Отчет о ремонтно-восстановительных работах, произведенных в мечети по инициативе султана Сулеймана Справедливого, был утерян в конце XIX века. Что касается описания ремонтных работ 1114 г. (1702–1703 гг.), произведенных по распоряжению Махмуда Афанди, то оно хранится в исламском музее (Джами аль-Магариб), находящемся в западной части мечети. До наших дней дошли также две из четырех книг, посвященных историческому ремонту, проведенному султаном Махмудом II в 1233 г. (1817–18 гг.). Широкомасштабные реставрационные работы проводились под руководством архитектора Кемаледдин-бея со времен британского мандата (с 1922 г.).
