В период крестовых походов (1099-1291). Во времена мусульманского господства христианам не препятствовали в поклонении своим святыням в Иерусалиме. В 1071 г. кочевые племена турок-сельджуков, недавно принявших ислам, в битве при Манцикерте, рядом с озером Ван, разгромили византийского императора и вынудили Фатимидов уйти из Палестины и Сирии. В 1077 г. они закрыли доступ в Иерусалим для христианских паломников. В 1095 г. византийский император и паломники обратились за помощью к папе Урбану II. В ответ он призвал к Крестовому походу, или Священной войне за освобождение Святой земли. В период с 1096 по 1204 гг. состоялись четыре важнейших военных кампании европейских христиан на Среднем Востоке.
В июле 1099 г. после осады, продолжавшейся пять недель, армия крестоносцев захватила Иерусалим. Захватчики устроили жуткую резню, уничтожая всех его жителей нехристиан. С середины XII века занятые христианами территории вынуждены были постоянно обороняться, несмотря на то что уже были созданы великие военно-религиозные ордены рыцарей-госпитальеров и тамплиеров.
В 1171 г. турки-сельджуки из Мосула разрушили власть Фатимидов в Египте и утвердили своего ставленника, курдского военачальника Салахаддина, в качестве правителя. Это оказало сильное воздействие на регион. Салахаддин разбил армию крестоносцев и захватил Иерусалим в 1187 г. В ответ европейцы собрали Третий крестовый поход. Его возглавил Ричард Львиное Сердце. Заключив перемирие с Салахаддином, Ричард вернулся в Европу. Последующие кампании под руководством европейских монархов, в том числе и будущего короля Англии Эдуарда I, не принесли никаких результатов. В конце концов мамлюкский султанат Египта снова захватил Палестину и Сирию.
Когда в 1099 году Иерусалим захватили крестоносцы, то часть мечети была превращена в христианскую церковь. В других же помещениях разместилась командория (штаб-квартира главы ордена) тамплиеров. Рыцари-монахи хранили в мечети снаряжение и оружие. Были там и денники для боевых коней.
Хотя после благоустройства, проведенного при Салахаддине Айюби, повергшего крестоносцев и вернувшего аль-Аксе звание мечети, ремонт и был продолжен, все же сегодня большая часть здания сохранила вид, который она имела при Захире. Во времена, когда Салахаддин Айюби отвоевал Иерусалим, восстановление мечети аль-Акса в первозданном виде потребовало больших расходов, чем расходы на мечеть Купол Скалы. Сюда был доставлен и установлен минбар, изготовленный в Алеппо по приказу Нураддина Занги. В 1217–1218 гг. по распоряжению племянника Салахаддина аль-Малика аль-Муаззама, являвшегося эмиром Дамаска, к северному входу был пристроен портал.
